6 raisons d’utiliser R en analyse PMSI

Nous travaillons depuis plusieurs années avec R, langage open source de traitement de données et de statistique, pour l’analyse PMSI.

Nous partageons aujourd’hui notre retour d’expérience sur l’utilisation de R pour l’analyse des PMSI.

Raison #1 : R est adapté aux analyses PMSI

Principales caractéristiques de R :
# importation optimisée de fichiers textes structurés
# manipulation très fluide et naturelle de structures de données. R a été conçu spécifiquement pour la manipulation de données.
# toutes les fonctions statistiques et de manipulations de données existent nativement dans R
# de très nombreuses fonctions graphiques et de visualisation de données sont intégrées à R pour produire automatiquement des histogrammes, des courbes, des camemberts, des boîtes à moustache, etc…
# génération de rapports dynamiques
# très rapidement opérationnel.
En quelques heures, un professionnel du PMSI peut réaliser des comptages (nombre de RUM, nombre moyen de RUM par RSS, DMS, …) et quelques requêtes simples (nombre moyen d’actes CCAM par séjour et GHM, ratio de séjours avec un code CIM-10 codé, …)

Or ces caractéristiques sont justement celles recherchées par les équipes DIM :
# travail sur un PC, souvent un portable pour les médecins DIM, sans vouloir ou pouvoir dépendre d’un service informatique
# import et manipulation rapide (en quelques secondes) de fichiers de quelques 100 000 lignes
# réutilisation et personnalisation à volonté de requêtes
# « nettoyage » facile de données (ex : supprimer les GHM représentés par moins de 10 séjours)
# « jeux » avec les filtres et les sélections
# production de graphiques à la volée
# production de case mix
# comparaison de jeux de données période à période ou périmètre à périmètre
# repérage d’atypies avec paramétrage de listes de codes
# appel à des fonctions ou des tests statistiques en ayant l’assurance qu’ils sont corrects
# distinction entre variables quantitatives, qualitatives, catégorielles
# rapprochement avec des référentiels ou des textes non structurés
# génération de rapports d’activité dynamiques reproductibles
# intégration aux EDS, aux études multi-sites

R est par ailleurs très largement utilisé en Santé Publique et en biostatistique depuis de nombreuses années.

Raison #2 : R est mature et pérenne

R existe depuis plus de 20 ans. Sa maturité, sa popularité et sa diffusion s’accroissent d’année en année.

A ce jour, R est couramment utilisé en entreprise, dans les milieux académiques et les organismes publics, en particulier dans le monde hospitalier et de la santé.

R comprend plus de 15 000 packages à ce jour (source), répondant à des besoins de plus en plus pointus.

En janvier 2019, R est classé 12e dans l’index TIOBE qui mesure la popularité des langages de programmation dans le monde.

Raison #3 : R est gratuit et open source

La gratuité de R permet aux équipes DIM de travailler tout de suite en toute liberté, sans dépendre d’un financement qui peut toujours être remis en cause ou d’un éditeur commercial qui bride l’accès aux possibilités d’analyses, sans dépendre d’un nombre de licences.

R est open source. Cela garantit une maîtrise de bout en bout des requêtes et des fonctions : pas de « boîtes noires », pas de « modules supplémentaires payants », aucune limitation dans les développements.

R dispose d’un environnement de développement gratuit, libre, multiplateforme pour R, orienté utilisateur : RStudio qui facilite grandement le développement sous R et la visualisation en direct des résultats, en particulier des graphiques.

Raison #4 : R est très documenté

L’écosystème francophone autour de R est aujourd’hui très développé avec des sites et blogs didactiques, du plus basique pour démarrer aux plus techniques, des forums et des rencontres académiques dans de nombreuses villes (Nantes, Toulouse, Paris, Lyon), un réseau d’experts indépendants.

Pour les professionnels qui comprennent l’anglais basique, la documentation R devient alors quasi-infinie.

Chaque question a sa réponse dans les blogs, sites ou forums

Raison #5 : Les spécialistes et experts du PMSI utilisent R

La quasi-totalité des CHU et CHR utilisent aujourd’hui R.

L’AP-HP développe un logiciel open source R pour le PMSI : pmeasyr (voir notre interview de Guillaume PRESSIAT qui développe et maintient pmeasyr).

La DREES développe depuis 2019 sa visualisation de données en ligne en R

Nous développons PMSISoft, le logiciel d’analyse PMSI le plus pointu à ce jour, en R.

Raison # 6 : R = l’ouverture du PMSI à la data science

Pour les équipes DIM, travailler avec R, c’est aussi participer aux travaux les plus récents en santé publique autour des EDS (Entrepôts De Santé) qui voient le jour dans les principaux CHU (Paris, Grand Ouest, Marseille, Bordeaux, Strasbourg, Lyon) et de l’IA.

C’est s’inscrire dans une démarche de partage et de collaboration valorisant les expertises propres aux PMSI (via, par exemple, le partage de package ad’hoc).

Travailler avec R pour une équipe DIM, c’est travailler de plein pied dans le monde des data scientist, du codage semi-automatisé, de l’avenir de l’analyse des données de santé à laquelle participe le PMSI.

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Recueil et valorisation des journées de télé-réadaptation en HDJ SSR (COVID-19)

L’ATIH vient de publier ses consignes pour le recueil et la valorisation des journées de télé-réadaptations en HDJ SSR dans le cadre de la crise du COVID-19.

Contenu d’une prise en charge éligible au codage d’une journée de télé-réadaptation

Métiers autorisés à ce jour au télé-soin :
– Médecins
– Masseurs-kinésithérapeutes
– Ergothérapeutes
– Psychomotriciens
– Orthophonistes
– IDE

Dans ce cas que le professionnel intervient seul, dans le cadre d’une séance de rééducation individuelle.

Une journée de télé-réadaptation peut être renseignée si elle remplit les conditions suivantes :

1. Elle correspond à une prescription médicale, sur la base d’un bilan initial du patient, effectué en présentiel par l’équipe de SSR qui prend en charge le patient. Elle fait l’objet d’une coordination par l’équipe.

2. Elle contient au moins 3 interventions différentes, qui doivent pouvoir être justifiées en utilisant la classification commune des actes médicaux (CCAM) ou le catalogue spécifique des actes de rééducation et réadaptation (CSARR), hors actes complémentaires.

3. Les interventions sont réalisées par au moins 2 professionnels différents, intervenant habituellement au sein de l’HDJ (médecins, auxiliaires médicaux, aides-soignants, personnels des professions sociales et éducatives, psychologues et enseignants en activité physique adaptée).

4. Les interventions sont réparties sur les jours d’une même semaine calendaire, du lundi au dimanche.

5. Pour chaque journée de télé-réadaptation, la traçabilité de la prise en charge est assurée :
o Lors d’une journée unique un compte rendu d’hospitalisation est effectué par un médecin à l’issue de la prise en charge.
o Lors de journées répétées, le projet thérapeutique doit être décrit par un médecin lors de la première journée. Des synthèses intermédiaires écrites sont également effectuées par le médecin coordonnateur à chaque fois que cela est pertinent. Enfin, lors de la dernière journée, un compte rendu d’hospitalisation de la prise en charge est effectué par un médecin.

Il est à noter que les prises en charge d’HDJ peuvent être mixtes, associant sur une même semaine ou sur plusieurs semaines une prise en charge présentielle (HDJ «classique ») et une ou plusieurs journées de téléréadaptation.

Recueil RHS

Afin de permettre le recueil et l’identification des journées de téléréadaptation, il est nécessaire de créer une UM spécifique de téléréadaptation.

Données à recueillir :
• Remplissage de la variable type d’hospitalisation obligatoirement : pour les prises en charge à distance le type d’hospitalisation sera le type d’hospitalisation 2.
• Pour chaque journée calendaire au cours de laquelle un ou des actes auront été réalisés, le RHS sera renseigné avec le code CCAM ou CSARR de ces actes ainsi que la date de réalisation.
• Une attention particulière sera apportée au codage des DAS. Le code Z75.3 « Centres médicaux non disponibles et non accessibles » sera utilisé en cette position de DAS dans les RHS afin de décrire la téléréadaptation. Ce code a vocation à tracer exclusivement cette activité réalisée à distance – il ne doit plus être utilisé pour d’autres situations.
• Les autres variables du RHS seront renseignées selon les règles habituelles du guide méthodologique : FPP, MPP et AE.
• La variable « journée de présence » sera cochée pour chaque journée calendaire au cours de laquelle un ou des actes CSARR ou CCAM auront été réalisés, quel que soit le nombre de ces actes.
• La traçabilité dans le dossier médical des interventions des différents professionnels devra être assurée.
• Les RHS produits pour ces journées de téléréadaptation seront gérés avec les mêmes outils et selon les mêmes modalités que les autres RHS de l’établissement.

Leur transmission sera réalisée sur le même rythme mensuel que les autres RHS.

Solution privilégiée pour permettre le recueil pour des prises en charge mixtes au cours desquelles coexistent dans la même semaine calendaire des journées d’HTP en présentiel et des journées de téléréadaptation : ouvrir 2 numéros de séjour en simultané et les garder ouverts sur la période de prise en charge.

Valorisation DMA

Processus de valorisation :
1. Chaque RHS typé « télé réadaptation », par le code Z75.3 constitue un réservoir de journées de téléréadaptation à reconstituer à partir des informations élémentaires recueillies.
2. L’information élémentaire guidant la matérialisation de ces journées est l’acte CSARR (ou CCAM).
3. Les informations de chacun de ces RHS seront agrégées pour constituer une ou des unités de téléréadaptation de la semaine selon des critères définis ci-dessus.

A ce stade, les journées de télé-réadaptation ne doivent pas être valorisées (la phase de régularisation des
financements, sur la base de l’activité réalisée, interviendra en fin d’année (M12)).

Il est ainsi attendu que les établissements privés ne facturent pas ces journées de téléréadaptation par le circuit habituel.

Lors de la transmission mensuelle des RHS, leur groupage (via Ovalide) conduira au GMT 9999 sans tarif.

Activités réalisées à partir de la date de début confinement (17 mars 2020).

A partir du lundi 11 mai 2020, les journées de télé réadaptation, telles que définies dans ce document, doivent obligatoirement être recueillies selon les modalités présentées ci-dessus

Source : COVID-19 Journées de télé-réadaptation SSR Recueil et valorisation (ATIH)

Consignes de recueil du RIM-P en période de COVID-19

Voir article « Consignes de codage des séjours liés au COVID-19« 

L’ATIH a publié une noté dédiée au codage des activités réalisées en PSY par les équipes soignantes en ambulatoire et en temps partiel pendant cette période de COVID-19.

Codage en ambulatoire

« Par dérogation, les actes réalisés par Téléphone ou par vidéo peuvent faire l’objet d’un recueil par RAA dans le RIM-P, selon les conditions suivantes :
– Tous les actes réalisés depuis le début de la crise sanitaire peuvent être recueillis. La date de fin de cette dérogation sera précisée ultérieurement.
– Les RAA de ces actes « non réalisé en présentiel », doivent comporter le code CIM-10 Z75.3 « Centres médicaux non disponibles et non accessibles » en position de Diagnostic et facteurs associés (DA).
– La définition des actes EDGAR telle que précisée dans l’annexe « Grille EDGAR » du guide méthodologique reste de vigueur. »

Codage en Temps Partiel

Depuis le 1er janvier 2020, les prises en charge à temps partiel doivent faire l’objet d’un recueil complémentaire de type FICHCOMP « Temps partiel » (voir notre article « Fichier FICHCOMP Temps Partiel PSY » (nouveautés PMSI PSY 2020)).

Pour décrire les prises en charge mises en œuvre par les établissements de psychiatrie durant l’épidémie COVID-19, les modifications suivantes sont proposées :

– Dans le champ « Type de venue », la valeur 2 « Venue d’une demi journée > 3 h » peut être utilisée de façon dérogatoire pour les Prises en charge alternatives dont la durée cumulée sur une journée est <=3 heures (pour les établissement sous DAF).
La valeur 3 « Séance de 3 à 4 heures » peut être utilisée pour les Prises en charge alternatives dont la durée

cumulée sur une journée est <=3 heures (pour les établissement sous OQN).

– Dans le champ « Prestation », les valeurs 2 « PIE » et 3 « PIA » ne seront plus utilisées en période COVID. 
7 nouvelles valeurs de « Prestation » sont introduites : 
3 : Prise en charge aménagée, en présentiel, incluant un ou plusieurs « Entretien individuel ».
4 : Prise en charge à distance incluant une ou plusieurs activités de type « Groupe » réalisée(s) par vidéo
5 : Prise en charge à distance incluant une ou plusieurs activités de type « Groupe » réalisée(s) par téléphone
6 : Prise en charge à distance incluant un ou plusieurs « Entretien individuel » réalisé(s) par vidéo
7 : Prise en charge à distance incluant un ou plusieurs « Entretien individuel » réalisé(s) par téléphone
8 : Prise en charge Autres (sans Entretien, ni Groupe) de type Accompagnement
9 : Prise en charge avec un déplacement (Visite à Domicile ou substitut du domicile, EHPAD, ESMS, etc)

Source : Consignes de recueil du RIM-P en période COVID-19 (ATIH)

Groupage MCO 2020 des séjours avec COVID-19

Voir article de synthèse « Consignes de codage des séjours liés au COVID-19« .

La fonction de groupage (FG) MCO 2020 des séjours en GHM a été modifiée pour tenir compte des prises en charge COVID-19.

Les 2 codes CIM-10
U07.10 « COVID-19, FORME SYMPTOMATIQUE RESPIRATOIRE, VIRUS IDENTIFIE BIOLOGIQUEMENT
U07.11 COVID-19, FORME SYMPTOMATIQUE RESPIRATOIRE, VIRUS NON IDENTIFIE BIOLOGIQUEMENT
ont été ajoutés à la liste des diagnostics d’entrée de la CMD 04 « Affections de l’appareil respiratoire » et, au sein de cette CM, dans la liste de diagnostics D-0405 « Infections et inflammations respiratoires » qui classe dans les racines de GHM 04M06 « Infections et inflammations respiratoires, âge inférieur à 18 ans « ou 04M07 « Infections et inflammations respiratoires, âge supérieur à 17 ans ».

Le codage CIM-10 
U07.12 COVID-19, PORTEUR de SARS-CoV-2 ASYMPTOMATIQUE, VIRUS IDENTIFIE BIOLOGIQUEMENT
a été ajouté à la liste des diagnostics d’entrée de la CM 23 « Facteurs influant sur l’état de santé et autres motifs de recours aux services de santé » et, au sein de cette CM, dans la liste de diagnostics D-2309 « Autres motifs de recours aux soins » qui classe dans la racine de GHM 23M20 « Autres symptômes et motifs de recours aux soins de la CMD 23 »

Source : Manuel GHM 2020 (volume 2)Manuel GHM 2020 (volume 3)

Groupage SSR 2020 des séjours avec COVID-19

Voir article de synthèse « Consignes de codage des séjours liés au COVID-19« .

La fonction de groupage (FG) SSR 2020 des séjours en GME a été modifiée pour tenir compte des prises en charge COVID-19.

Les 2 codes CIM-10
U07.10 « COVID-19, FORME SYMPTOMATIQUE RESPIRATOIRE, VIRUS IDENTIFIE BIOLOGIQUEMENT
U07.11 COVID-19, FORME SYMPTOMATIQUE RESPIRATOIRE, VIRUS NON IDENTIFIE BIOLOGIQUEMENT
ont été ajoutés à la liste des diagnostics d’entrée de la CM 04 « Affections de l’appareil respiratoire » et, au sein de cette CM, dans la liste de diagnostics D-0415 « Infections broncho-pulmonaires (non tuberculeuses) » qui classe, en situation de codage MMP ou AE, dans le groupe nosologique 0415 « -Infections broncho-pulmonaires (non tuberculeuses) »

Les 2 codes CIM-10 
U07.14 COVID-19, AUTRES FORMES CLINIQUES, VIRUS IDENTIFIÉ
U07.15 COVID-19, AUTRES FORMES CLINIQUES, VIRUS NON IDENTIFIÉ
ont été ajoutés à la liste des diagnostics d’entrée de la CM 18 « Certaines maladies infectieuses, virales ou parasitaires » et, au sein de cette CM, dans la liste de diagnostics D-1806 « Infections autres que par VIH » qui classe, en situation de codage MMP ou AE, dans le groupe nosologique 1806 « Infections autres que par VIH »

Les 2 codages CIM-10 
U07.12 COVID-19, PORTEUR de SARS-CoV-2 ASYMPTOMATIQUE, VIRUS IDENTIFIE BIOLOGIQUEMENT
U07.13 AUTRES EXAMENS ET MISES EN OBSERVATIONS EN LIEN AVEC L EPIDEMIE DE COVID-19
ont été ajoutés à la liste des diagnostics d’entrée de la CM 23 « Autres motifs de recours aux services de santé » et, au sein de cette CM, dans la liste de diagnostics D-2309 « Autres motifs de prise en charge » qui classe, en situation de codage MMP ou AE, dans le groupe nosologique 2309 « Autres motifs de prise en charge »

Source : Manuel GME 2020 (volume 2)Manuel GME 2020 (volume 3)

Des certificats de décès électroniques pour mieux compter les victimes du COVID-19 (INSERM)

Nous relayons ce communiqué de l’INSERM qui invite, entre autres, les établissements de santé à recourir le plus possible au certificat électronique de décès afin d’obtenir des chiffres de mortalité précis liés la pandémie de Covid-19 et ainsi, obtenir rapidement les chiffres nécessaires pour mieux suivre l’évolution de la pandémie.

Ces déclarations se font sous la responsabilité du Département d’Information Médicale ou, à défaut, avec la participation/validation du DIM, étant donné la nature des informations patients en jeu.

Guide de mise en oeuvre de CertDC

Source : Communiqué INSERM (6 avril 2020)

Nouveau contrôle FG SSR 2020 : numéro de semaine incompatible avec l’utilisation de l’extension d’un acte CCAM

Mise à jour 15 avril 2020 : ce contrôle est ajouté au volume 1 du manuel des GME 2020 (chapitre 3.2.2 « Les erreurs détectées par les contrôles ») avec le numéro 173

A partir de la semaine 10 de 2020 commençant l’année PMSI SSR 2020 (à partir du lundi 2 mars 2020), un nouveau contrôle est mis en place au niveau de la fonction de groupage SSR : 

Repérage d’un numéro de semaine incompatible avec l’utilisation de l’extension d’un acte CCAM.

Ce contrôle détecte donc les codages d’actes CCAM avec extension PMSI qui seraient codés dans une semaine où ces actes ne seraient pas actifs.

Ce contrôle est identifié avec le numéro 183

En pratique, ce contrôle devrait être extrêmement rare car, à ce jour, le codage d’un acte CCAM avec extension est très rare en SSR et, d’autre part, les logiciels de saisie du PMSI sont censés gérer les dates d’activité des référentiels, dont la CCAM à usage PMSI.

Source : Manuel des GME 2020 (volume 1)